В материалах дела говорится, что в 2006 году против Мананникова возбудили уголовное дело за оскорбление двух сотрудников ГИБДД. В 2009 году мировой судья признал его виновным и приговорил к штрафу. В сентябре 2010 года политик подал апелляцию, но Центральный районный суд Новосибирска отклонил ее. В декабре того же года Мананников обратился в Новосибирский областной суд, который также отклонил апелляцию.
Также Мананников опубликовал в своем блоге текст жалобы, в которой он просил судебную коллегию Новосибирского областного суда привлечь судью Марию Шишкину к уголовной ответственности за незаконные действия, назвав ее «басманной судьей».
Из-за этого в октябре 2010 года на экс-сенатора завели уголовное дело о клевете на судью и неуважении к суду. В рамках расследования дома у обвиняемого изъяли оргтехнику. Его самого отправили на принудительную психиатрическую экспертизу. В больнице Мананников в первый же день объявил голодовку. В итоге его приговорили к выплате штрафа в 150 тыс. руб.
Мананников обжаловал это решение в Верховном суде РФ. Там его дело переквалифицировали на ст. 319 УК РФ. Бывший сенатор получил штраф в 30 тыс. руб., но был освобожден от него по истечению срока давности в феврале 2013 года.
В Страсбургском суде Мананников потребовал от Российской Федерации компенсацию за моральный вред в 50 тыс. евро и 18,9 тыс. евро за судебные издержки. Европейский суд по правам человека признал, что власти России нарушили ст. 5 Европейской конвенции о защите прав человека, принудительно поместив Мананникова на психиатрическую экспертизу. Также Европейский суд увидел нарушение ст. 1 протокола № 1 Конвенции в изъятии следователями личной техники Мананникова, которую оставили в материалах дела.